השלב השלישי
מ"שחרור" להתשה, מרץ 1969 עד אוגוסט 1970
במרץ 1969 היה קו המעוזים בשלבים האחרונים של בנייתו. ב-8 במרץ חודשה באש המצרית במלוא עוזה, לאחר הפסקה של ארבעה חודשים. שליט מצרים הכריז על ביטול הפסקת האש שהושגה בסיום מלחמת ששת הימים ועל כוונתו לעבור לשלב ה"שחרור" במהירות האפשרית. ברם, צה"ל הקים קו הגנה שהיה עלול לשבש את הצליחה. המצרים כינו את הקו "קו בר-לב", על שם הרמטכ"ל דאז רא"ל חיים בר-לב, וראו בו מכשול שיש להורסו בטרם הצליחה.
לצבא המצרי הייתה עדיפות בעוצמת האש של כוחות היבשה, כמעט פי עשרים במאזן הכוחות הארטילרי. במהלך השבועות הראשונים ירו התותחים המצריים עד 40,000 פגזים ביום. בחסות ההפגזות, החלו המצרים בפשיטות קומנדו זעירות שבהן הותקפו מעוזים וחניוני טנקים. מצרים יכלה לספוג גם יותר אבידות. אזרחי מצרים לא ידעו על נפגעיהם, גם כאשר מספרם הגיע למאות ביום. בישראל, שבה התפרסמו כמעט מדי מודעות בעיתונות על הנופלים הצעירים, המצב היה שונה והתחושה הייתה שלחימה מסוג זה היא חסרת תכלית.
ההסלמה בפעילות העוינת בחזית הירדנית, הורחבה במרץ 1969 בירי קטיושות על העיירה קריית שמונה, כחלק מהרחבת הפעילות הפלשתינית גם לגבול לבנון.
צה"ל העתיק לקו התעלה את מדיניות ה"השמה". ארטילריה וטנקים הפכו את ערי התעלה לעיי חורבות, ומאות אלפי מצרים הפכו לפליטים בקהיר ובמקומות אחרים. כמו כן צה"ל שב לבצע פעולת מיוחדות בעומק מצרים ובשולי חזית התעלה. במהלך החודשים יוני-יולי 1969 חיל האוויר הפיל 10 מטוסים מצריים בסדרה של קרבות אוויר יזומים.
אבידות צה"ל בחזית התעלה בחודשים אלה הגיעו ל-70 עד 100 נפגעים כל חודש. ממרץ עד מחצית יולי 1969 נהרגו 61 לוחמים ונפצעו 159. היה ברור שכוונתו של נאצר לעבור בהקדם לשלב צליחת התעלה. במגמה להטות את הכף בלחימה בתעלה ולקטוע הכנות מצריות לצליחה, החליט המטכ"ל להנחית מכה משולבת: בליל 20-19 ביולי פשטו לוחמי הקומנדו הימי וסיירת מטכ"ל על האי גרין. במבצע נהרגו שישה ו-11 נפצעו מתוך 40 לוחמי צה"ל שנטלו חלק בפעולה. 80-70 לוחמים מצרים שהיו באי נהרגו. למחרת תקפו מטוסי חיל האוויר יעדים מצריים בצפון התעלה.
"שלב השחרור" – עמד להתחיל בקיץ 1969. ב-23 ביולי, שלושה ימים לאחר פעולת צה"ל באי גרין ותקיפת מטוסי חיל האוויר, נאצר נמנע מלדבר על המעבר ל"שלב השחרור". במקום זאת הכריז על המעבר לאסטרטגיה של מלחמת הקזת הדם, שתורגמה למלחמת ההתשה, כתוצאה מאי יכולתו באותה עת לבצע את הצליחה לצד הישראלי. שלב השחרור הפך למלחמת התשה.
הפעלת חיל האוויר כ"ארטילריה מעופפת" צמצמה את היתרון המצרי בקני תותחים ושינתה את המצב בחזית. אבידות צה"ל פחתו ומנגד המצרים שילמו ביוקר על המלחמה. ערי התעלה נהרסו כמעט כליל וכ-750,000 תושבים היו לפליטים בארצם. מפעלי תעשייה חשובים נהרסו. מצב דומה שרר בבקעת הירדן, שם פעלו המחבלים בסיוע הצבא הירדני. מספר ההרוגים של המצרים היה גדול. באיגרת לנשיא עיראק, נאצר הודה כי בכל יום נופלים כמה עשרות חיילים מצרים. באחד מבתי הקברות הצבאיים ליד תעלת סואץ נוספו במלחמת ההתשה 1,801 קברים. לאחר המלחמה, נשיא מצרים גילה בראיון, כי בעת ההפצצות הישראליות הכבדות על מצרים, בעת שזו ניסתה להקים סוללות טילים ליד התעלה, אבידותיהם הגיעו ל-300 ביום בקירוב.
המצרים הגבירו את פשיטותיהם. באחדות מהן, בפרט נגד הכוחות שסיירו בין המעוזים, הסבו אבידות ניכרות לצה"ל. ב-9 בספטמבר 1969 צה"ל הגיב בפשיטה משוריינת גדולה במפרץ סואץ. לפשיטה קדמה פעולת טיבוע של שתי ספינות טורפדו מצריות בצפון המפרץ על ידי לוחמי הקומנדו הימי. שלושה מלוחמי הקומנדו הימי נהרגו ואחד נפצע כתוצאה מתקלה במנגנון ההשמדה העצמית של אחד מכלי השיט התת-מימיים שהובילו את הלוחמים. לאחר שהובטח חופש פעולה ימי, כוח משוריין, שכלל שישה טנקי שלל ושלושה נגמ"שי שלל, הונחת בחוף המערבי של מפרץ סואץ, מצפון לאבו-דארג', ונע דרומה לאורך כ-60 ק"מ עד לראס-זעפרנה. חיל האוויר בודד את שדה המערכה. טייס שמטוסו נפגע נעדר. בפשיטה נהרגו כ-150 חיילים מצרים, ביניהם המפקד המצרי של אזור מפרץ סואץ ויועצו הסובייטי שהיה עמו. ממשלת מצרים זועזעה. נאצר הדיח את הרמטכ"ל המצרי ואת מפקד חיל הים. כחודשיים קודם לכן, לאחר ששני מטוסי "מיראז'" ישראליים חלפו בטיסה נמוכה מעל קהיר ומעל ביתו ויצרו בום על-קולי, נאצר הדיח את מפקד חיל האוויר ומפקד ההגנה האווירית. ימים ספורים לאחר הפשיטה המשוריינת נאצר לקה בהתקף הלב הראשון שלו. לאחר יומיים, ב-11 בספטמבר 1969, הגיבו המצרים בתקיפה מאסיבית של מטוסים. 11 מטוסים מצריים הופלו בקרבות אוויר.
ההפגזות הכבדות והפשיטות המצריות על קו המעוזים החדש נמשכו. לוחמי קומנדו ימי מצריים חיבלו באוניות ישראליות בנמל אילת ומטוסים מצריים פגעו בבסיסים ובמעוזים. מנגד המשיך צה"ל במבצעים המיוחדים בשילוב עם תקיפות חיל האוויר שגברו ככל שנמשכה מלחמת ההתשה. ב-26 בדצמבר 1969 פשט כוח ישראלי, שהונחת במסוקים ליד ראס-ע'ארב במפרץ סואץ, ונטל עמו מכ"ם סובייטי חדיש שהועבר לישראל עם מפעיליו המצרים.
במקביל ללחימה, צה"ל פעל גם בתחום ההגנתי. בנוסף לשיפור המעוזים ובניית תשתית של כבישים ומחנות. נעשה מאמץ עצום בשיפור המערך הרפואי, במטרה לצמצם את מספר האבידות. בחזית המצרית הוקם מערך רפואי מהצפופים בעולם. כתוצאה מכך, צומצם אחוז ההרוגים מבין הנפגעים מ-28.3% בתחילת מלחמת ההתשה ל-22.2% בשנים 1970-1969 ו-20% בשלהי המלחמה.
עקב חידוש ההכנות המצריות לצליחה, חיל האוויר תקף והשמיד את מערך טילי הקרקע-אוויר המצריים בשלהי דצמבר 1969. בינואר 1970 הוחלט להחריף את התגובה לירי המצרי. ארבעה חודשים קודם לכן הגיעו לישראל מטוסי ה"פאנטום" הראשונים וכעת הוחלט לשגרם להפצצות עומק במצרים. למצרים לא היה מענה להפצצות אלה.